微生物群在肠道健康中具有重要功能，它可以通过附着在上皮壁中的粘液层，形成保护上皮细胞的屏障。许多共生菌和致病菌粘附于粘液层中的复合碳水化合物里。

肠道粘液中的微生物对肠道健康起到重要作用

而共生细菌的粘附，会防止条件性致病菌的定植。这是肠道粘液层的定植抗性或保健作用。微生物群中的细菌会产生多种不同的化合物，包括维生素（维生素K和B族维生素），挥发性脂肪酸（乙酸、丁酸和丙酸），有机酸（乳酸）和抗菌化合物（细菌素）。微生物群为动物提供了保护和营养。

良好的肠道健康对家禽养殖实现目标生长速度和饲料转化率是非常重要的。Garcia等（2007）报道，与对照组（绒毛高度1088um）相比，肉鸡饲粮中添加甲酸的绒毛最长（添加甲酸0.5%和1.0%组的绒毛高度分别为1273和1250 um）。类似地，还是在这个试验中，饲喂含甲酸（1%）饲粮的肉鸡空肠隐窝深度比抗生素组更深（266 Vs 186 um）。因此，添加甲酸会同时增加肠绒毛高度和隐窝深度。已经证明短链脂肪酸可以刺激正常隐窝细胞的增殖，促进健康组织的周转和维持。

挥发性脂肪酸和乳酸也具有高效的抗菌活性，特别是对革兰氏阴性病原体如大肠杆菌和沙门氏菌非常有效。因此，若能在大肠中拥有产生这些酸良好环境，有利于保持动物健康。

由微生物群产生的几种代谢物，也会刺激肠道中的神经内分泌细胞，因此，微生物群对肠道功能的内分泌调节中起着重要作用。肠道微生物群通过促进饲料的最佳消化和吸收，调节能量代谢，预防粘膜感染，调节免疫系统，对宿主体内稳态起到调节作用。

反之，如果微生物群失衡，就会出现微生态失调的情况。微生态失调，会导致细菌病原体，如猪禽中的沙门氏菌和家禽中的弯曲杆菌的生长，导致人类食品的污染。在家禽中，菌群失调也表现出肠屏障渗漏和肠道炎症。